import time
from rpy2.robjects.packages import importr
from rpy2 import robjects
import pandas as pd
from rpy2.robjects import pandas2ri

maftools = importr("maftools")

# 读取 MAF 文件
# 读取 maf 文件
maf_df = pd.read_csv('example.maf', sep='\t', comment='#')

# 转为 csv 文件
maf_df.to_csv('example.csv', index=False)

# 1. 准备数据
data = pd.read_csv('example.csv')

# df = pd.DataFrame(df_maf)

print(data)


# for name, values in data.iteritems():
#     print(name)

# # 将 DataFrame 转为 R 中的 DataFrame
# maf = pandas2ri.py2rpy_pandasdataframe(df_maf)

#
# #
# #
# # # 调用 maftools 中的 read.maf() 函数读取 MAF 文件
# maf_parsed = robjects.r('read.maf')(maf)
# #
# # # 调用 maftools 中的 oncogenes() 函数进行数据分析
# onco = robjects.r('oncogenes')(maf_parsed)