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- import time
- from rpy2.robjects.packages import importr
- from rpy2 import robjects
- import pandas as pd
- from rpy2.robjects import pandas2ri
- maftools = importr("maftools")
- # 读取 MAF 文件
- # 读取 maf 文件
- maf_df = pd.read_csv('example.maf', sep='\t', comment='#')
- # 转为 csv 文件
- maf_df.to_csv('example.csv', index=False)
- # 1. 准备数据
- data = pd.read_csv('example.csv')
- # df = pd.DataFrame(df_maf)
- print(data)
- # for name, values in data.iteritems():
- # print(name)
- # # 将 DataFrame 转为 R 中的 DataFrame
- # maf = pandas2ri.py2rpy_pandasdataframe(df_maf)
- #
- # #
- # #
- # # # 调用 maftools 中的 read.maf() 函数读取 MAF 文件
- # maf_parsed = robjects.r('read.maf')(maf)
- # #
- # # # 调用 maftools 中的 oncogenes() 函数进行数据分析
- # onco = robjects.r('oncogenes')(maf_parsed)
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